醫(yī)院前身為1928年建立的蘭州中山醫(yī)院，1932年成為甘肅學院醫(yī)學專修科的教學醫(yī)院，是甘肅省建立的公立醫(yī)院。1946年更名為“國立蘭州大學附設醫(yī)院”，1948年更名為“蘭州大學醫(yī)學院附設醫(yī)院”，1954年從蘭州大學分出獨立建院，更名為“蘭州醫(yī)學院附設醫(yī)院”，1959年成立“蘭州醫(yī)學院第二附屬醫(yī)院”，2004年隨蘭州醫(yī)學院整體并入蘭州大學，更名為“蘭州大學第二醫(yī)院”。