北京大學(xué)深圳醫(yī)院原名“深圳市中心醫(yī)院”，是深圳市政府投資建成的現(xiàn)代化綜合性醫(yī)院。醫(yī)院于1999年底建成開業(yè)，2001年9月，深圳市政府與北京大學(xué)、香港科技大學(xué)合作，醫(yī)院更名為“北京大學(xué)深圳醫(yī)院”和“北京大學(xué)深圳臨床醫(yī)學(xué)院”，納入北京大學(xué)附屬醫(yī)院管理體系。2011年，經(jīng)廣東省醫(yī)院評(píng)審委員會(huì)評(píng)審，認(rèn)定為三級(jí)甲等醫(yī)院。