1880年，正式定名為“同仁醫(yī)院”，1904年，醫(yī)院已擁有國內(nèi)的手術(shù)室、實(shí)驗(yàn)室、X光機(jī)等醫(yī)療設(shè)備和國內(nèi)第一輛救護(hù)車，展開了上海第一例眼科手術(shù)、卵巢切除手術(shù)和植皮術(shù)，第一例精神失常病例和截癱病例，醫(yī)療技能享譽(yù)滬上。解放后，醫(yī)院由上海市人民政府接收，并于1957年劃歸長(zhǎng)寧區(qū)成為長(zhǎng)寧區(qū)同仁醫(yī)院。1978年遷址于今天的愚園路786號(hào)。2006年，與上海交通大學(xué)附屬仁濟(jì)醫(yī)院合作，成為該院的分院。