1880年，正式定名為“同仁醫(yī)院”，1904年，醫(yī)院已擁有國內的手術室、實驗室、X光機等醫(yī)療設備和國內第一輛救護車，展開了上海第一例眼科手術、卵巢切除手術和植皮術，第一例精神失常病例和截癱病例，醫(yī)療技能享譽滬上。解放后，醫(yī)院由上海市人民政府接收，并于1957年劃歸長寧區(qū)成為長寧區(qū)同仁醫(yī)院。1978年遷址于今天的愚園路786號。2006年，與上海交通大學附屬仁濟醫(yī)院合作，成為該院的分院。