上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年。1952年更名為上海第九人民醫(yī)院，1964年正式成為上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬第九人民醫(yī)院(以下簡稱“九院”)，2005年上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)正式合并，九院改名為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院。

同時，在本市浦東新區(qū)由由地區(qū)設(shè)有九院浦東分院(嚴鎮(zhèn)路166號)、和高科口腔醫(yī)療美容門診部(嚴橋路350號)，徐匯區(qū)設(shè)有虹梅口腔醫(yī)療美容門診部(虹梅路3310號)、靜安區(qū)設(shè)有大沽口腔醫(yī)療美容門診部(大沽路388號)。醫(yī)院承擔本市區(qū)域基本醫(yī)療服務(wù)，主要從事急危重癥和疑難疾病的救治，也是上海市120的定點醫(yī)院，上海市口腔干部保健醫(yī)療定點醫(yī)院。