海軍軍醫(yī)大學創(chuàng)建于1949年9月，當時稱華東軍區(qū)人民醫(yī)學院，主要由華東醫(yī)務干部學校、第三野戰(zhàn)軍衛(wèi)生部醫(yī)學院、國民黨原國防醫(yī)學院部分留大陸人員和從地方招聘的專家教授組成。1950年10月，更名為上海軍醫(yī)大學。1951年7月9日，由中央軍委正式命名為中國人民解放軍第二軍醫(yī)大學。2017年6月29日，更名為中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學，并對外保留第二軍醫(yī)大學校名。

據(jù)2017年8月學校官網(wǎng)顯示，校設“四部二院”，下轄“一部八系”、3個師級學員管理單位、3所附屬醫(yī)院、1個肝癌科學中心和5個干休所。